D. Manuel I
Até 1503, D. Manuel I manteve o Paço Real da Alcáçova como residência principal. Habitou-o durante o casamento com D. Isabel e, mais tarde, foi o cenário dos seus esponsais com D. Maria de Castela. Aí recebeu Vasco da Gama, em 1499, regressado da expedição marítima à Índia. Foi ainda o local em que festejou o Natal de 1500, conforme relata o embaixador castelhano, Ochoa de Isasaga.
A permanência da corte no paço ditou, por sua vez, o nascimento nele do príncipe herdeiro, futuro D. João III, em 1502. Acontecimento que foi comemorado com a encenação do Auto da Visitação, ou Monólogo do Vaqueiro, de Gil Vicente, peça seminal do teatro português.
A continuada presença de D. Manuel I nos paços do castelo exigiu benfeitorias. Na Sala Ogival e na Porta do Espírito Santo subsistem vestígios dessas intervenções, nomeadamente a divisa manuelina – a esfera armilar. Outros testemunhos preservam-se ainda hoje no topo das ruínas do paço: duas colunas de estilo manuelino, anteriormente partes de um portal. Também a Torre do Tombo, local do arquivo régio, foi então intervencionada e alargada.
A expansão e o comércio marítimos estreitaram os laços de D. Manuel I com o mar. Junto ao estuário do Tejo, mandou construir o Paço Real da Ribeira, quebrando a centralidade da colina do castelo como espaço de poder na cidade. Todavia, os paços do castelo mantiveram-se como habitação régia, posto que já não habitados por um rei, mas por uma rainha destronada: D. Joana de Trastâmara.